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1989年，当苏联部队撤出阿富汗之际，本·拉登返回沙特的家乡。然而这时候所发生的事，令他感到震惊。

1990年当伊拉克部队入侵科威特时，沙特国王法赫德拒绝了本·拉登所提的军事援助计划，转而向美国求援。

沙特反对派领导人阿勒法基表示，本·拉登无法接受50万美国士兵踏上沙特的神圣土地这一事实。

阿勒法基说：“这是他生命中的一个转折点。当时他的想法是，这是对伊斯兰使命的重大背叛，是沙特政权的一个历史性的重大背叛。”

本·拉登于是前往苏丹，支持其他穆斯林战士，像是那些对抗埃及和阿尔及利亚政府的人。

埃及记者达尔维希表示，本·拉登在此扮演了后勤的角色。

达尔维希说：“本拉登并未提供任何意识形态上的鼓舞。他实际上所提供的，是一个财务和补给网，通过一个非常复杂的银行和投资系统，从也门一直延伸到阿尔巴尼亚。”

1996年，苏丹要求本拉登离境。当时被极端伊斯兰组织塔利班刚刚控制的阿富汗，就成为他的最后一个避难所。

在阿富汗，本·拉登的地下势力网卡伊达开始扩张。

调查本拉登势力的作家福登说，这个组织的成员多达五千人，分布在大约25个国家。

福登说：“卡伊达是一个非常松散的联络网，由士兵、受过训练的爆破专家以及各种支援者组成，包括一些财务提供者。他们接受本拉登的指示。尽管这个网络似乎有许多层级的指挥，以及一个架构，但是情报机构很难破获它。”