其实，最有可能的一个原因，就是在“扁案”爆发后，精于政治算计的“新潮流双仁”，早已经预估到“扁案”将会是导致民进党由盛转衰、屡选屡败的重要因素，即使再有权谋也难以挽回，因而“知难而退”，避免砸坏“战略之神”的招牌。因而即使是虽有参与辅选，但并不愿挂将印总绾。

另外，在二零零八年“总统”选战中，“新系”与此前曾参与筹划及实施“围剿十一寇”的谢长廷有仇，再加上谢长廷本人坚持其竞选总部要以“谢系”子弟兵为主，对“新系”有所顾忌，虽然在竞选后期有表示欢迎“新系”的战将邱义仁、吴乃仁等人参与其竞选总部运作，但两者实质上都是虚以委蛇，邱义仁、吴乃仁并无参与核心实质操作。谢长廷败选的原因固然很多，但其排斥“新潮流双仁”不能说不是其中的一个主要原因。实际上，如果是由“新潮流双仁”来操盘的话，谢长廷在大势所趋之下必然会输，但也不会输得那么惨。

被视为“选战菜乌”的蔡英文面对这场“三合一”选举，有点慌神。凭着自己与“新系”的密切关系，希望能请出“新潮流双仁”为自己操盘。然而，邱义仁因身涉“国务机要费案”而遭羁押及判刑，就只好找吴乃仁。吴乃仁不忍民进党就此而没落，临危受命，于今年四月回锅民进党出任秘书长，除协助蔡英文处理日常党务外，还统领“三合一”选战。

尽管今年九月四日他因涉嫌在申博现金网：证交所董事长任内，协助也是“新潮流系”的前“内政部政务次长”颜迈进不实核销个人餐饮费，诈领证交所交际费，而遭台北地检署依“诈欺罪”起诉，但仍专心操盘。他力排党内众议，坚持在选战过程中不提任何与“扁案”有关的事情，连确是有一定合理成份的陈水扁“司法人权”也一字不提，柔情式与陈水扁做出切割，果然使民进党从“扁案”的阴影中走了出来。